Пеэтер Мююрсепп получил первую степень по математике в Тартуском университете в Эстонии. Он имеет степень магистра философии в том же университете и доктора гуманитарных наук в области философии Вильнюсского университета в Литве. С 2005 года д-р Мююрсепп является профессором философии и методологии науки Таллиннского технического университета. Профессор Мююрсепп также является председателем Эстонской ассоциации истории и философии науки и действующим президентом соответствующей Балтийской ассоциации.